Boss Hunt låses opp etter fullføring av Region 2 Stage 9. Denne spillmodusen har 4 vanskeligheter Utfordrer, Hardt, Mareritt og Uendelig Hver uke blir 2 sjefer aktive Spillere er begrenset til å bruke Mon fra (2) av (6) elementene, som et eksempel må du ta med Fire & Air Mon for å kjempe mot Grass Ampamon nedenfor De høyeste vanskelighetsgradene vil presse spillerlistene til det ytterste på tvers av alle 6 elementene og krever god teambuilding + gjennomtenkt spill for å oppnå høyest mulig poengsum og tjene sjeldne belønninger i spillet Fortsatt W.I.P, Boss Hunt U.I ikke fullt implementert, men det vil snart bli @wardensascent