Не требуется секвенирование от гистологии до транскриптомики! Одна из победивших команд на Autoimmune Disease ML Crunch 2 в партнерстве с @Schmidt_Center разработала конвейер, который предсказывает 2000 экспрессий иммунных генов непосредственно из изображений тканей. Давайте разберем это 🧵

Проблема Можем ли мы определить экспрессию генов только по срезам тканей? Это тот вид сжатия сигналов, который сейчас открывает ИИ, превращая окрашенные изображения в молекулярные инсайты для аутоиммунных заболеваний. Эта команда создала одну из самых элегантных систем в этом вызове.

Их стек • Патчи, извлеченные из гистологических слайдов • Vision Transformer (ViT) для 1024-мерных встраиваний • Многоголовое внимание для предсказания 200 генов с наибольшей изменчивостью • Вариационный кодировщик-декодировщик, восстанавливающий все 2000 экспрессий генов Обучено на нормализованных данных scRNA-seq от Crunch.

Архитектура Изображение → Встраивание → Сигнал → Профиль Эта система сопоставляет входные данные с выходными, моделируя основную биологию. Каждый слой извлекает различный вид информации: визуальной, статистической и биологической. Конечный результат точен, интерпретируем и основан на структуре данных.

Влияние Такой тип системы снижает затраты, ускоряет диагностику и объединяет визуализацию с омниками, что особенно ценно при заболеваниях, где иммунная активность скрыта под поверхностью. Шаг вперед для вычислительной патологии. И для пациентов.

Команда • Др. Сукрит Гупта @YoSukrit • Амит Кумар • Маниндер Каур • Др. Микеле Чеккарелли @mceccarelli • Др. Рагхвендра Малл @MallRaghvendra Читать их полное описание здесь: