Не потрібне секвенування від гістології до транскриптоміки! Одна з команд-переможців на ML Crunch 2 з Autoimmune Disease ML Crunch 2 у партнерстві з @Schmidt_Center створила конвеєр, який прогнозує 2000 експресій імунних генів безпосередньо на зображеннях тканин. Давайте розберемо все 🧵 по поличках

Суть проблеми Чи можемо ми зробити висновок про експресію генів лише на предметних скельцях тканин? Саме такий тип стиснення сигналу зараз розблоковує штучний інтелект, перетворюючи забарвлені зображення на молекулярну інформацію для аутоімунних захворювань. Ця команда створила одну з найелегантніших систем у челенджі.

Їх стек • Пластирі, витягнуті з гістологічних слайдів • Vision Transformer (ViT) для вбудовувань 1024-d • Багатоголова увага для прогнозування 200 генів з найвищою варіативністю • Варіаційний енкодер-декодер, що реконструює всі 2000 експресій генів Навчено на нормалізованих даних scRNA-seq Crunch.

Архітектура Вбудовування зображення → → профіль Signal → Ця система зіставляє входи з виходами, моделюючи біологію, що лежить в основі. Кожен шар витягує різний вид інформації: візуальну, статистичну та біологічну. Кінцевий результат є точним, інтерпретованим і ґрунтується на структурі даних.

Вплив Така система знижує вартість, прискорює діагностику та поєднує візуалізацію з омікою. Особливо цінний при захворюваннях, де під поверхнею ховається імунна активність. Крок вперед для комп'ютерної патології. І для пацієнтів.

Колектив • Доктор Сукріт Гупта @YoSukrit • Аміт Кумар • Маніндер Каур • Доктор Мішель Чеккареллі @mceccarelli • Торговий центр доктора Рагвендра @MallRaghvendra Читайте їх повний текст тут: